Keistimewaan Pura Tanah Lot semakin menonjol, terlebih lagi jika dikaitkan dengan sejarah berdirinya Pura Tanah Lot tersebut berkaitan dengan perjalanan suci (Dharmayatra) Danghyang Dwijendra atau yang pada waktu walaka bernama Danghyang Nirartha dalam proses penyebaran agama Hindu di Bali.
Danghyang Nirartha adalah seorang baghawan yang hidup pada masa Kerajaan Majapahit yang berkeliling Pulau Bali pada sekitar tahun 1489. Sang baghawan tiba di Bali melalui Blambangan pada abad ke-15, dan disambut dengan baik penguasa Bali pada waktu itu, yaitu Raja Dalem Waturenggong.
Ketika melakukan dharmayatra untuk mengajarkan agama Hindu hingga ke pelosok, beliau sempat berhenti dan beristirahat. Tempat berhenti tersebut berada di sebuah pulau kecil yang berdiri di atas batu karang. Tak lama setelah Danghyang Nirartha beristirahat, berdatanganlah para nelayan dengan membawa berbagai persembahan untuk beliau.
Kemudian pada malam harinya, Sang baghawan berkenan memberikan nasihat keagamaan seperti kebajikan dan susila kepada masyarakat desa yang datang menghadap, dan beliau menasihati kepada masyarakat desa untuk membangun parahyangan di tempat itu, karena getaran batin (wisik) beliau serta adanya petunjuk gaib bahwa tempat itu baik digunakan sebagai tempat untuk memuja Sang Hyang Widhi. Kemudian, setelah Danghyang Nirartha meninggalkan tempat itu, dibangunlah sebuah bangunan suci di atas batu karang yang berada di tengah laut.
Dari sinilah nama Tanah Lot diambil. Tanah Lot terdiri atas dua kata, yaitu tanah dan lot. Pengertian tanah di sini, oleh masyarakat setempat diartikan sebagai batu karang yang menyerupai pulau kecil (gili), sedangkan lot berarti laut. Sehingga, nama Pura Tanah Lot diartikan sebagai tempat pemujaan (pura) yang dibangun di atas tanah di tengah laut.
Di kompleks pura yang berada di tengah laut tersebut, terdapat beberapa pelinggih seperti meru tumpang tujuh yang diperuntukkan sebagai tempat pemujaan bagi Dewa Baruna. Masyarakat Bali kerap menyebutnya dengan Bhatara Segara atau Dalem Tengahing Samudra. Sedangkan meru tumpang tiga digunakan untuk memuja Danghyang Nirartha atas jasa beliau dalam mengembangkan dan mengajarkan agama Hindu di daerah ini.
Di bawah Pura Tanah Lot terdapat sebuah ceruk menyerupai goa yang mana di dalamnya bisa ditemukan mata air tawar yang disucikan, karena meski persis berada di bawah pura yang berada di tengah laut namun rasanya tetap tawar. Banyak pengunjung yang berusaha masuk ke dalam goa tersebut sekadar untuk membasuh muka yang diyakini dapat menyebabkan awet muda hingga bisa memberikan keselamatan serta keberuntungan.
Tepat di seberang goa ini, pengunjung juga bisa menemukan sebuah goa lain yang dihuni oleh ular laut berwarna hitam dengan belang putih di tubuhnya. Masyarakat desa setempat percaya bahwa ular-ular tersebut merupakan jelmaan dari selendang Danghyang Nirartha yang bertugas untuk menjaga Pura Tanah Lot ini.
